Мазепа родился в шляхетской православной семье. Первый документально известный предок будущего гетмана был Николай Мазепа — Колединский, которому за военную службу был пожалован польским королем хутор на речке Каменице, впоследствии село Мазепинцы, — прадед гетмана Мазепы.