Войска южных феодалов, наступавшие как правительственные (сёгун был объявлен мятежником), быстро двигались к столице. 3 мая 1868 года Кэйки без боя сдал эдоский замок, однако окончательно господство дома Токугава было сломлено лишь в длительной гражданской войне, охватившей три четверти территории страны. Даймё некоторых феодальных княжеств в Канто, а также северной части Хонсю отказались подчиниться новому правительству и начали сопротивление. На Южном побережье Хоккайдо, куда отплыл непокоренный флот сёгуна, адмиралом Эномото Такэаки была провозглашена "дворянская республика". В мае 1869 года после ожесточенных боев на Хоккайдо было сломлено сопротивление последнего оплота защитников сёгуната и окончательно ликвидировано господство феодального дома Токугава.